计算机科学与探索 ›› 2017, Vol. 11 ›› Issue (3): 355-364.DOI: 10.3778/j.issn.1673-9418.1512050
聂宁明1+,胡长军2,张云泉3,贺新福4,张博尧1,李士刚3
NIE Ningming1+, HU Changjun2, ZHANG Yunquan3, HE Xinfu4, ZHANG Boyao1, LI Shigang3
摘要: 分子动力学模拟是研究材料辐照效应下微观结构演化的重要工具。对4款主流材料计算大规模分子动力学开源软件LAMMPS、Ls1-MarDyn、IMD和CoMD进行了详细的介绍,从数据结构、计算方法、并行分解方式、原子存储等多个方面进行了横向分析比较。通过设计算例测试了各软件的计算效率、并行性能和内存使用情况。针对压力容器关键材料辐照缺陷演化计算特点,提出了设计节省存储空间的面向单晶的新型数据结构的设想,为后续实现大时空尺度分子动力学模拟研究提供了研究基础。