串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述

doi:10.3778/j.issn.1673-9418.2010.02.001

计算机科学与探索 ›› 2010, Vol. 4 ›› Issue (2): 97-107.DOI: 10.3778/j.issn.1673-9418.2010.02.001

串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述

乔彦涛^1，3+，缪佳铮²，孙世伟³，刘金刚¹，卜东波³

1. 首都师范大学计算机科学联合研究院，北京 100048
2. 浙江工商大学食品与生物工程学院，杭州 310018
3. 中国科学院计算技术研究所计算生物研究组，北京 100190

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2010-02-15 发布日期:2010-02-15
通讯作者: 乔彦涛

Review on Protein Identification Approaches Based on Tandem Mass Spectrometry

QIAO Yantao^1，3+， MIAO Jiazheng²， SUN Shiwei³， LIU Jingang¹， BU Dongbo³

1. Join Faculty of Computer Scientific Research， Capital Normal University， Beijing 100048， China
2. School of Food Science and Technology， Zhejiang Gongshang University， Hangzhou 310018， China
3. Bioinformatics Group， Institute of Computing Technology， Chinese Academy of Sciences， Beijing 100190， China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2010-02-15 Published:2010-02-15
Contact: QIAO Yantao

摘要/Abstract

摘要： 蛋白质组学的主要目的是鉴定出生物体内的蛋白质的种类和数量。为达到这个目的，人们开发了多种蛋白质鉴定算法，包括数据库搜索方法、De Novo方法、PST（肽段序列标签）方法和质谱数据库方法。首先介绍了质谱仪中肽段断裂机理的研究，以及相关的质谱鉴定方法，然后综述了当前常用的蛋白质鉴定方法，分析了这些方法的优缺点，最后提出了自己的见解和展望。

关键词: 蛋白质组学, 串联质谱, 数据库搜索方法, De Novo算法, 质谱数据库方法

Abstract: One of the main objectives of proteomics is to identify and quantify proteins in a tissue or a cell. Tandem mass spectrum has been proved to be a powerful tool to achieve this goal. This paper presents a review on the protein identification approaches based on tandem mass spectrometry， including database searching methods， De Novo methods， PST （peptide sequence tag） methods， and spectra library methods. It also introduces the research on peptide fragmentation principle， amino acids neutral losses， and peptide identification. Finally， the viewpoints on the development of mass spectrum techniques are described.

Key words: proteomics, tandem mass spectrum, database searching method, De Novo method, spectra library method

中图分类号:

TP311

乔彦涛1，3+ ，缪佳铮2 ，孙世伟3 ，刘金刚1 ，卜东波3 . 串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(2): 97-107.

QIAO Yantao^1，3+， MIAO Jiazheng²， SUN Shiwei³， LIU Jingang¹， BU Dongbo³. Review on Protein Identification Approaches Based on Tandem Mass Spectrometry[J]. Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, 2010, 4(2): 97-107.

[1]	马天笑，吴刚+，黄晙. 上下文感知计算的支撑环境及其参考实现[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(4): 345-352.
[2]	马秀娟1，2 ，周明辉1，2+ ，梅宏1，2 . 一种支持多状态转换的通用资源池框架[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(3): 214-221.
[3]	郎波1+ ，刘旭东1 ，王怀民2 ，谢冰3 ，毛晓光2 . 一种软件可信分级模型[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(3): 231-239.
[4]	唐祖锴1，3 ，彭智勇2+ . 面向方面程序设计语言研究综述[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(1): 1-19.
[5]	袁崇义1，2 ，赵文1，2，3 ，高昕1，2 ，黄雨1，2，3+ . O-表达式的性质定义与规范[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(1): 20-28.
[6]	孟啸+，王宏志，高宏，李建中. bibEOS：一个高质量的社会化文献检索与管理系统[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(1): 54-63.
[7]	丁学雷1，2+ ，王怀民1 ，王元元2 ，卢刚1 . 面向验证的软件可信证据与可信评估[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(1): 46-53.
[8]	宋文军1，2 ，刘红星1，2 ，王崇骏1，2+ ，谢俊元1，2 . 以图频繁集为基础的核心节点发现[J]. 计算机科学与探索, 2010, 4(1): 82-88.
[9]	罗云锋+,贲可荣. 软件故障静态预测方法综述[J]. 计算机科学与探索, 2009, 3(5): 449-459.
[10]	周清华,谢俊元,王崇骏+. 多Agent对抗环境下联盟形成的信任模型[J]. 计算机科学与探索, 2009, 3(5): 491-497.
[11]	Jan Peter Patist+. 通过最大化实现数据流算法中的可变滑动窗口[J]. 计算机科学与探索, 2009, 3(5): 519-538.

串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述

Review on Protein Identification Approaches Based on Tandem Mass Spectrometry

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 11

编辑推荐

Metrics